批量去除基因组中内含子的方法如下：

1、使用基因注释工具：许多基因注释工具如Glimmer，GeneMark，AUGUSTUS和MAKER等可以用来预测基因和内含子的位置，可以使用这些工具来标记内含子并将其删除。

2、基于比对的方法：使用比对算法，如BLAT，Bowtie2，BWA和HISAT2等，将基因组序列与已注释的基因组序列比对，然后通过比对结果识别和删除内含子序列。

3、基于RNA-Seq数据的方法：通过RNA-Seq数据的拼接转录本来预测内含子和外显子的位置，然后根据这些位置去除内含子序列。

4、基于机器学习的方法：使用机器学习算法来训练模型，预测基因和内含子的位置，然后根据这些位置去除内含子序列。