企业登记管理警示制度旨在强化部门间和上下级之间的联动监管，提升企业监管的精准度。该制度将警示分为三级：一级、二级和三级，分别对应不同程度的监管措施。

一级警示为提示性，注册部门在办理业务时会对企业进行重点审查，但不直接限制其登记行为。二级警示则是部分限制，针对特定变更登记进行有针对性的限制。三级警示则是完全限制，对变更或注销登记实施严格控制。

一级警示适用于股东营业执照被吊销未履行清算义务等情况，监管部门在年检时会依据制度处理。二级警示适用于注册资本分期到位未按期出资、法院冻结股权等情况，需在特定要求下限制相关变更登记。三级警示涉及违法行为调查或企业被依法关闭等严重情况，将限制变更或注销登记。

各级工商机关和相关部门需严格遵循警示管理规定，不得随意实施或解除警示，确保监管的公正和公平。违规行为将受到相应的责任追究。异地迁入企业的警示管理由迁入局相关部门负责。通过电子台帐系统，警示管理得到精确记录和管理，确保信息的透明与公开。