上市公司关联交易存在诸多问题，其中最为明显的一点就是不同国有股持股单位的选择可能导致关联企业数量的巨大差异。一般而言，持股单位的级别越高，上市公司与关联企业的关系就越紧密，关联企业数量也越多。

首先，关联交易缺乏透明度和公正性。关联企业与上市公司之间的交易往往缺乏充分的公开信息，容易产生利益输送或内幕交易等问题。由于关联交易涉及双方的利益，监管难度大，导致监管不力成为常态。在缺乏有效监管的情况下，关联交易往往会滋生权力寻租、利益输送等现象，损害股东和其他利益相关者的权益。

其次，关联交易可能损害上市公司利益。在某些情况下，关联企业可能会利用与上市公司的关系获取不正当的优惠，甚至通过关联交易将上市公司的利润转移到关联企业，从而损害上市公司的整体利益。这种行为不仅违反了市场公平原则，还可能影响上市公司的财务健康和持续发展能力。

再者，关联交易可能导致信息不对称和市场效率降低。由于关联交易涉及的双方可能掌握的信息不对称，导致市场上关于上市公司的信息传递不充分。这不仅影响了投资者对公司价值的判断，也降低了市场整体的效率。此外，关联交易可能导致市场上的价格信号失真，影响资源配置的优化和市场资源的有效分配。

最后，关联交易还可能引发法律风险。在一些情况下，关联交易可能违反相关法律法规，如《证券法》、《反垄断法》等。这不仅会对上市公司造成法律后果，还可能导致上市公司声誉受损，影响投资者信心，从而对上市公司的长远发展产生负面影响。

综上所述，上市公司关联交易存在的问题主要包括透明度和公正性不足、损害上市公司利益、信息不对称和市场效率降低，以及法律风险。为了解决这些问题，需要加强对关联交易的监管，提高透明度，确保公平竞争，以及加强法律法规的执行力度。同时，上市公司需要建立健全内部治理机制，加强对关联交易的内部控制，以维护股东和其他利益相关者的权益，促进上市公司的健康发展。