中心设有人口研究部、公共管理研究部、综合研究部、数据模型室、国际研究与联络部、调查评估部、信息服务部、数据和网络中心、项目管理部、人口与计划生育杂志社、中国人口和计划生育年鉴社、培训部、办公室、财务资产处、科研协调处15个部门。