目前生态系统健康评价尚存在分歧,因要评价的生态系统类型各异，故产生了多种评价方法和指标, 包括生态特征、水资源状况、河流基本状况、功能整合、社会政治环境及社会经济指标等。其中生态指标是在生态系统水平和群落层次上设计的指标。你所说的生物密度和生物量是河流生态系统健康评价的重要指标。主要的生态指标有：⑴河岸及河床边缘植被：主要研究植被受扰状态及盖度变化，定性与定量相结合；⑵河道冲刷/淤积：反映河道的稳定状况及泥沙的淤积程度，定性与定量相结合；⑶水质：河道及沼泽地水质，以《地面水环境质量标准》(GB3838—2002)中Ⅲ 类水域水质标准评定；⑷水量：以现有水量同历史资料相比较的变化率来表示；⑸水源保证或补给：以水源保证或补给率来计量；⑹水生生物多样性：用评价区域动物或植物种数占所在生物地理区域动物或植物种数的百分比表示；⑺动物个体尺度或规格：以鱼类在同一地区个体的平均尺度或大小来衡量，同历史资料相比较的变化率；⑻植物个体尺度：以优势植物的平均高度来衡量，同历史资料记录的数据相比较，求其变化率；⑼生物量：以动物或植物的生物量来计算，求其历史时段内的变化程度；⑽河流受胁状况：以河流生态系统内人类的各种扰动为基础，包括过度渔猎、割草、捡鸟蛋、垦殖等胁迫因子；⑾相关湿地面积的减少或退化：以现有湿地面积减少或退化湿地面积的百分比来表示，退化可以湿地的盐碱化、沙化、植被退化面积来衡量，定性与定量相结合；⑿水土流失面积比例；⒀盐碱化面积比例；⒁景观恢复力和景观多样性指数。