环境保护部国际合作司为了履行其职责，设有以下六个内部机构，分别承担不同的工作任务：

1、综合处：负责司内的行政管理和综合协调，包括文书处理、会议安排、机要事务、保密与安全、印章管理、档案、财务预算、资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等。此外，该处还负责部外事管理，处理涉及世界贸易组织环境与贸易事务，以及与港、澳、台环境保护相关事务。

2、国际组织和公约处（简称国际处）：主要负责与联合国环境署及其他国际组织的联络与合作，负责部内主导的国际环境公约的对外谈判。此外，该处还组织参与涉及环境议题的国际会议和公约谈判，指导我国驻联合国环境署代表处的工作，并管理与环境保护国际非政府组织的合作与交流。

3、亚洲处：专门负责与亚洲地区国家和组织的环境合作与交流，处理本地区内的双边和多边环保合作，制定与本地区国家和机构的环境合作计划。同时，该处还承担环境合作协议和备忘录的谈判及签署任务，以及与非联合国系统国际组织的联系与环境合作。

4、欧洲处：主要关注欧洲、中亚地区的环境合作，与这些地区的国家和组织进行交流，同样处理双边和多边环保合作，制定合作计划，进行协议谈判和签署，并与非联合国系统国际组织保持联系，促进环境合作。

5、美洲大洋洲处（西亚非洲处）（简称美大处）：此处负责与美洲和大洋洲（包括西亚和非洲地区）的环境合作，进行相应的合作计划制定、协议谈判与签署，以及与该地区的国际组织进行环境事务的联系与合作。