上海音乐学院的专业涵盖了艺术管理、音乐表演、音乐学和作曲等领域。其中艺术管理系提供公共事业管理专业的课程，为期四年，授予管理学学位。

音乐戏剧系、指挥系、民族音乐系、钢琴系、声乐歌剧系、管弦系和现代器乐与打击乐系则专注于音乐表演，学制为四年或五年，授予艺术学学位。

音乐学系和音乐教育系则侧重于音乐学和音乐教育，同样提供四年或五年学制，授予艺术学学位。

作曲系和民族音乐系提供作曲与作曲技术理论的专业课程，学制为四年或五年，授予艺术学学位。

音乐工程系和数字媒体学院(筹)的录音艺术专业以及数字媒体艺术专业则侧重于数字媒体方向，学制四年，授予艺术学学位。

音乐工程系还提供艺术与科技专业的课程，为期四年，授予艺术学学位。