有案底办理护照被拒的原因包括以下几点：

1. 若个人涉及刑事案件，被诊断为被告人或犯罪嫌疑人，其护照申请可能会被拒绝。

2. 如果人民法院通知某人有未了结的民事案件，那么此人不能出境，其护照申请也可能被拒绝。

3. 正在服刑的犯人通常不符合护照申请条件，其申请可能会被拒绝。

4. 不具备中华人民共和国国籍的个人无法申请护照，其申请会被拒绝。

5. 在护照申请过程中，若发现申请人有弄虚作假的行为，其申请会被拒绝。

6. 如果申请人无法证明其身份，其护照申请可能会被拒绝。

7. 国务院有关主管部门认为某些人出境后可能对国家安全造成危害或对国家利益造成重大损失，这类人的护照申请也会被拒绝。

在有案底的情况下，办理护照需要注意以下几点：

1. 案底性质：不同类型的案底对护照申请的影响程度不同，例如，刑事犯罪记录通常会对护照申请产生较大影响。

2. 案底时效：案底记录的时间长短也是一个重要因素，一些陈旧的案底可能不再影响护照申请。

3. 审查程序：护照申请过程中，相关部门会进行背景审查，案底可能会在此环节被发现。

4. 申请材料：提前准备的申请材料必须真实完整，任何形式的隐瞒都可能导致申请被拒绝。

5. 法律规定：不同国家和地区对于有案底者办理护照的法律规定不同，需要具体了解。

总结来说，有案底者在办理护照时可能会遇到拒绝的原因，包括涉及刑事案件、有未了结民事案件、正在服刑、非中国国籍、申请材料不实、无法证明身份以及对国家安全或利益构成威胁等情况。