性质不同、内容不同。

1、性质不同：申请是因业务或事务需要，按规定完成法律程序向上级或职能部门、管理机构、组织、社团说明理由，提出请求，希望得到批准的一种事务文书，也叫申请书或申请表，而请示是下级机关向上级机关请求对某项工作、问题作出指示、明确政策界限或答复具体事项时使用的一种公文。

2、内容不同：申请的内容不以系统、部门为限，写法不强求一律，且常以填写有关部门印制的各种表格代替，而请示的行文对象固定，而申请的行文对象不定，请示的内容限于本系统，本部门的行政公务或政策问题，写法规范。