全南大学的教育体系丰富多样，主要分为大学院和大学两大部分。大学院包括一般大学院、经营大学院、行政大学院、产业大学院、农业开发大学院和教育大学院，为学生提供了广泛的专业选择和深入研究的机会。

大学部分，设有14个不同的学院，涵盖了经营、工科、农业生命科学、法科、师范、社会科学、生活科学、兽医、药学、艺术、医学、人文和自然科学等多个领域。其中，经营大学设有经营学部和经济学部，工科大学提供环境工学和应用化学等专业，农业生命科学大学涉及农业、生物技术等前沿学科。

法科大学设有法学和行政学专业，社会科学大学则涵盖了政治外交、社会、心理和人类学等多个学科。生活科学大学关注生活质量，设有生活环境福祉学等专业。艺术大学的音乐和美术学科提供了丰富的艺术教育，人文大学则教授国语、英语、佛语等多门外语以及史学知识。

自然科学大学则涵盖了物理、化学、地理环境、海洋环境以及生物科学等传统自然科学领域。此外，还有直属学部和生命科学技术学部，为学生提供生命科学、生命工学等专业，一般学部则允许学生在二年级时自由选择专业方向。