生物医药工程专业高校排名是东南大学、华中科技大学、上海交通大学。（排名从高到低排序）

1、东南大学

东南大学（简称东大，Southeast University），坐落于江苏省南京市，是中国教育部直属全国重点大学，由教育部与江苏省共建，是一所以工科为主要特色的综合性、研究型大学，属国家“双一流”建设高校、“985工程”、“211工程”重点建设高校，入选“强基计划”、“20卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、高等学校基础研究珠峰计划。

2、华中科技大学

华中科技大学（Huazhong University of Science and Technology，简称华中大、华科大），位于湖北省武汉市，是中华人民共和国教育部直属的综合性研究型全国重点大学、国家“双一流”、“985工程"、"211工程"建设高校，入选"强基计划"、"111计划"、“卓越工程师教育培养计划”、“湖北省2011计划”、“国家大学生创新性实验计划”。

3、上海交通大学

上海交通大学（Shanghai Jiao Tong University，简称上海交大），是中国历史最悠久的高等学府之一，是教育部直属并与上海市共建、中央直管的全国重点大学，位列国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校。学校位于上海市，现任党委书记杨振斌、校长丁奎岭。校训为“饮水思源、爱国荣校”。