1、在国内，你们结婚，做好结婚公正(日文的)，然后，她去日本申请你的在留资格(定住)，她是永住者，你是永住者的配偶，因此申请定住。

2、以留学身份过去，也可以。

3、时间上没有明显的区别，如果她没有足够时间回国和你办理结婚和公正，就留学身份过去喽。