办理日本签证需要准备的材料包括：

1. 有效因私五年护照，确保有效期超过半年，并且护照最后一页需要本人签名。

2. 提供两张2寸彩色免冠白底护照照片。

3. 准备一份在职证明原件，使用公司A4台头纸，内容应包括姓名、出生年月、在本单位工作的起止年限，以及自何时起在本单位任何职等信息。原件和复印件各一份，抬头和公章需保持一致。

4. 提供身份证与全家户口本的复印件。

5. 准备银行存款证明或车产、房产的复印件。

6. 填写一张个人资料表，此表由相关部门提供。

7. 若签证成功，客人需交纳一定数额的担保金，回国后凭护照可取回押金。

8. 如果护照签发地与工作单位所在地不一致，则需提供工作地的暂住证原件。

9. 退休者需提供退休证复印件，学生则需提供在学证明。