在选择生物医学工程领域进行博士深造的高校时，以下两所大学可视为优秀之选。

东南大学的生物医学工程学科，作为一级学科国家重点学科与“双一流”建设学科，具备授权一级学科博士学位点的资质。在第四轮学科评估中，该学科被评定为A+等级，并设有博士后流动站，为学子提供了广泛深入的研究与实践机会。

同样位于我国高等教育前列的华中科技大学，其生物医学工程学科亦是一级学科国家重点学科，具备授权一级学科博士学位点。在学科评估中，此领域同样被评为A+，并设有博士后流动站，为学术追求者提供了优质的学术环境与研究平台。

综上所述，东南大学与华中科技大学在生物医学工程领域的学术地位与研究资源均居于国内领先地位，对于有志于在此领域深入探索与研究的博士生而言，这两所大学无疑是理想的选择。