日本承认中国的硕士学历，这一点毋庸置疑。无论是从国内的同济医科大学获得硕士学位，还是其他知名高校获得的硕士学位，在申请日本的博士项目时，都会被认可。

我也是从国内毕业的，现在在日本攻读博士学位。根据我的经验，只要你的硕士学历是在中国的一所正规大学获得的，并且能够提供相应的学位证书和成绩单，申请日本博士项目时，一般不会有太大问题。

当然，不同大学和研究领域的要求可能会有所不同。有些项目可能会要求提供额外的考试成绩或推荐信，但总体来说，硕士学历的认可度是比较高的。

值得注意的是，申请日本博士项目时，除了学历要求，还需要考虑语言能力。虽然日语是日本的官方语言，但很多博士项目也接受英语授课，具体取决于你申请的学校和项目。

如果你的硕士专业与你希望申请的日本博士项目相关，那么你将有更多的机会获得录取。此外，建议你尽早准备，包括了解具体的申请流程和要求，这样可以让你的申请过程更加顺利。

总之，中国硕士学历在日本博士申请中是被广泛认可的。只要准备充分，你完全有可能实现你的留学梦想。