圣士提反女子学校拥有悠久的历史建筑，其中李余爱喜大楼是其标志性建筑，建于1923年至1928年，被列为1992年的香港法定古迹。这栋4层高的米白色建筑以其斜尖黑色屋顶为特色，整体设计与中国传统的合院式风格相融合，中心位置则是学校礼堂，包括何东堂和郭少流堂两个礼堂。

学校内部设施丰富，包括16个教室，供教学使用。行政区域设有校长办公室和2个副校长办公室，还有会议室、3个教员休息室（Staff Common Room）、学生会室（SA Room）、2个电脑室、2个影音室（AV Room）、多媒体学习室（Multimedia Room）以及校园广播工作室（Campus Broadcasting Studio），还有李余爱喜文物室和圣堂（Chapel）。音乐爱好者的空间包括音乐室以及2个音乐练习室（Music Practice Room）和小提琴室，辅导室（Counselling Rooms）则为学生提供辅导服务。

在附属小学原址上，徐大统纪念大楼于1995年落成，其中设有马会堂，图书馆、物理实验室（Physics Laboratory）、化学实验室（Chemistry Laboratory）、生物实验室（Biology Laboratory）以及2个综合科学实验室（General Science Laboratory）。室外有篮球场，即徐大统操场，方便体育活动。此外，学校还配备了停车场，并于1958年开始使用，2006年新增翼楼，增加了17个教室，教员室、缝纫室（Needlework Room）、家政室（Home Economic Room）、美术室、体育馆以及各类功能室如Resource Room、Careers Room和General Purpose Room。

校园设施还包括一个有盖操场，以及食物部和中六温习室，为学生的学习生活提供了全方位的保障。停车场的设立，进一步满足了日常运营的需要。