持有日本房产，需要缴纳的费用主要包括两类，第一类就是税务款项，有房产持有税和都市企划税；另一类属于其他的费用，包括公寓类房产的修缮费用和管理费用等等。如果您投资租房是由中介托管的话，同样需要缴纳一部分的中介费用。除此之外，在房租收益达到一定金额之后，也是需要上税的，日本在税务方面监管比较严，与其偷税，不如询问一些可以减免税款的优惠政策。