港澳通行证的费用为60元。一年内多次进入港澳地区的签注费用为80元，如果一年内仅去两次或每三个月去一次，则签注费用分别为30元和15元。

港澳通行证的首次申请、换发及补办都需前往当地的出入境管理部门进行现场办理。而续签签注则可以通过自助设备完成。

移民和出入境管理部门还调整了因私普通护照的费用，由原来的每本160元降至120元。往来港澳通行证的费用也从每张80元下调至60元。除此之外，其他相关费用将维持原标准。