MHC-II类分子分布较窄，仅表达于B细胞，树突状细胞和巨噬细胞即其他抗原呈递细胞，胸腺上皮细胞及血管内皮细胞等。被活化的Ts细胞及精子细胞也可表达II类分子。有些组织在病理情况下才会表达II类分子。