政府绩效考核主体的确认跟绩效考核的模式有关。以垂直管理单位为例。

一般根据绩效考核科学性，公正性，客观性的原则，根据谁主管谁负责考核的设定考核主体是最合适的。但理论归理论，根据不同的绩效管理的管理理念在实践中，我们政府中实践出大致分为两类如

一、两种主要模式

模式一、谁主管、谁考核，集中调解模式，以目标分管单位为考核主体。

以垂直管理单位为例，厅对下属单位进行考核，如地市交通局，其考核内容就会涉及上级单位各个职能部门，不规划处、财务处、科教处等等。这时候设定考核主体为目标的主管单位，当一个目标涉及多个主管单位时，以一个最主要主管单位考核为准。

模式二、集中考核管理。设定专职部门负责考核下属单位，以目标绩效办为考核主体。

由政府专门设定一个目标或者绩效主管单位，尤其直接负责对下属单位的目标制定、跟踪考核等。考核主体统一设为目标办或者绩效办。

二、模式比较

两者模式在操作过程中没有绝对的优劣之分。两者的优劣势之分简单概括如下：

优劣势简介

（1）模式一分工更加明确，能够实现统一类目标统一主管单位分管，实现考核标准与把握更加科学合理，对于尺度的拿捏对不同单位之间更加公平。难点在于政府机关各部门之间协调配合工作难度大，需要强有力的目标协调部门，和有力的目标绩效考核信息系统支撑，否则难以实时控制主管各单位绩效进度。

（2）模式2的优势在于目标的目标的制定，跟踪考核总体统一，进度管控性更强。难点在于三个方面。一是需要充分的人力资源配备。一般以一个市政府为单位，至少要陪20-30人的专业考核部门。二是，考核尺度的拿捏，专业性对专职人员要求高，如对绩效目标的认证难以保证必须要保证业务知识面要涉及到方方面面。三是，公正性，不同单位如果派人不同的团队去负责考核，主观的差异性，维持公正性、公平性的难度较大。