中枢免疫器官又称一级免疫器官，包括骨髓、胸腺、鸟类法氏囊或其同功器官。中枢器官主导免疫活性细胞的产生、增殖和分化成熟，对外周淋巴器官发育和全身免疫功能起调节作用。

外周免疫器官包括淋巴结、脾和粘膜相关淋巴组织等，是免疫细胞聚集和免疫应答发生的场所。