在会计电算化应用中，存在一系列的问题，严重制约了其发展和效率提升。首先，会计专业人员的计算机知识不足，虽然能基本处理业务，但对财务软件的运用不够熟练，对软件运行过程中出现的故障解决能力有限。这类人员往往需要长时间的培训才能适应工作，且易犯误操作，导致大量工作成果损失，影响系统正常运行，甚至引发系统崩溃。因此，具备计算机知识与会计理论的复合型人才短缺，成为实施会计电算化的主要障碍之一。

其次，会计分工模式的局限性阻碍了电算化的有效实施。传统分工模式无法实现岗位间的相互制约、监督与控制，降低了会计电算化工作的效率与质量。新的分工模式需要革新，以适应电算化的需要。

会计电算化后，现行会计制度并未进行相应修改。传统制度以手工核算为基础，而电算化后，从账户设置、登记方法到账务处理程序、会计工作的组织、系统设计、内部管理与控制、会计档案的保存介质与方法等都发生了变化。因此，制度需根据电算化特点进行调整与完善，以规范管理。

数据备份问题也较为突出。部分单位未能坚持每日备份，导致系统故障时数据丢失。此外，备份数据盘缺乏定期检查，没有相应的补救措施，且大多数单位使用软盘备份，其容量小、易出故障、成本高等问题影响了数据安全。

会计电算化档案管理存在缺陷。电算化后，会计档案增加了新的内容，需要建立相应的管理制度，以加强管理。然而，一些单位未能单独设立会计档案室，导致会计原始凭证、账表和电算化备份资料难以得到有效保管。

最后，大部分财务管理软件缺乏审计功能，无法有效验证数据的真实性和准确性。这使得在会计电算化过程中，存在着人为干预、利润调节以及提供虚假数据的可能，会计电算化软件难以防止作假账和会计信息失真，对数据质量构成了潜在威胁。