当前生态文明推动的难点在于：如何实现经济生态化转型；如何将产业自身升级规律与生态环境规制有机结合起来；如何实现“增产不增污”及“增产减污”。

我国生态文明建设面临水污染情况严重的问题。当前我国水污染形势依然相当严峻，根据近几年的《中国环境状况公报》公布的数据显示，我国几乎所有的水资源均受到不同程度的污染，水资源质量存在不同程度的下降。

我国的大气污染的状况不容乐观，尤其是城市的大气污染状况更是相当严重。大气污染没有国界，严重的大气污染会改变地球的气候，造成温室效应、臭氧层破坏、酸雨等全球性生态环境问题。按照新标准对二氧化硫、二氧化氮和可吸入颗粒物评价结果表明，地级以上城市达标比例为40.9%，环保重点城市达标比例为23.9%。

我国的生物多样性受威胁。生物多样性是是人类赖以生存的条件，是经济社会可持续发展的基础，是生态安全和粮食安全的保障。我国是世界上生物多样性最为丰富的国家之一，然而，目前我国的生物多样性保护面临着前所未有的压力与挑战：部分生态系统功能不断退化；物种濒危程度加剧；遗传资源不断丧失和流失。