员工抗拒指挥是否违法需依具体情境及相关法例论断。若所指令人为合理且如劳动合同与企业内规所容之举，无充分理由者予以抗拒则可能触犯相关条款；

然倘若指令人为非法，例如要求员工参与违法活动或违反劳动法规之工事，员工拒绝则属合法自卫。同时，指挥方式是否得当，是否给予员工适当准备时间以及必要资源支持亦应纳入考量。综上所述，员工抗拒指挥之行为性质需从多个角度进行评估。