实验室常用的核酸染料包括EB、GoldView、GelRed、GelGreen、SYBR Green 和SYBR Gold。EB是一种嵌入性芳香族荧光化合物,用于观察琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶中的核酸,其原理在于EB能渗透细胞膜与DNA嵌合,其荧光强度能显著增强,对低至10ng的DNA条带具有高灵敏度,但EB作为强致癌诱变剂,需谨慎操作。
GoldView是一种新型的核酸染料,其灵敏度与EB相当,使用方法相同,双链DNA在紫外透射光下会呈现绿色荧光,也可用于RNA染色。然而,GoldView在对于大片段DNA的染色效果良好,但在500bp以下的片段效果不佳,其荧光基团在紫外灯下容易淬灭,且不适用于胶回收。
GelRed和GelGreen属于大分子产品,具有高灵敏度、低毒性、超稳定性,且容易在室温下保存。GelRed和GelGreen在预制胶和电泳过程中不会降解,电泳后染色过程只需30分钟,无需脱色或冲洗。对DNA和RNA迁移影响小,适用于预制凝胶和凝胶电泳后染色。使用时应带好防护手套。
SYBR Green I和SYBR Gold是高灵敏度的核酸染料,适用于各种电泳分析,操作简单,至少可检出20pg DNA,SYBR Green I与dsDNA结合荧光信号增强800-1000倍,背景信号低。SYBR Green I已被证实具有强诱变能力,使DNA或其他物质发生突变。SYBR Green I一般用于染双链DNA,而SYBR GreenII用于染单链DNA和RNA。
所有这些染料各有优缺点,但都涉及到一定的毒性,因此在实验操作时需要注意保护自己。总之,正确选择和使用核酸染料,对于科研工作至关重要,同时也需要对潜在的健康风险有充分的认识和防范。