性质不同，培养目标不同。

1、性质不同：海军工程大学是一所海军综合性院校，也是海军唯一集指挥与技术、工程与作战关键问题一体化的海军工程大学，而海军潜艇学院是中国海军潜艇和防险救生部队军官、士官、士兵的摇篮，是军队“2110工程”整体条件重点建设院校，是一所多学科、综合性的具有鲜明特色的指挥院校。

2、培养目标不同：海军工程大学主要面向海军现代化建设和军事斗争准备，培养海军新型军事人才，以服务为宗旨，以就业为导向，走产学研结合的发展道路，而海军潜艇学院主要培养德、智、军、体全面发展，具备武器系统与工程、水中兵器、航海运输与工程、船舶与海洋结构物设计制造等领域内的高素质专门人才。