校内体制不同、课程设置不同。

1、校内体制不同：华二校内体制相对宽松，注重素质教育，华二紫竹校区则更加注重纪律和规范，对学生要求更为严格。华二紫竹校区的食宿条件也相对更为优越。

2、课程设置不同：华二紫竹校区的竞赛资源对所有学生完全开放，而华二本部的竞赛资源更为集中。每年暑假的卓越学院课程统一在华二本部（张江校区）上课，不过不喜欢竞赛的学生也可以选择参加人文类、艺术类等其他课程。