测定rRNA的空间排列方式主要依赖于电镜法和交联法。在70S核糖体图中，rRNA分子的结合部位和方向得以显示。在电镜下，16SrRNA的排列呈V型，其一个臂比另一个稍厚且长。23S的大小和形状能够很好地匹配50S"皇冠"式样。

研究认为，rRNA形成了核糖体亚基的骨架，与蛋白质结合。通常情况下，rRNA骨架不会发生显著的构象变化。利用免疫电镜法，确定了亚基内rRNA的某些特征。通过抗N6,6-二甲基腺苷(位于16SrRNA3'末端24和25位)抗体，确定了修饰碱基区段位于30S亚基头和体之间。在16SrRNA的第526位，m7G处于30S上1/3和下2/3交界处。对16S、5S和23SrRNA的内部交联进行了研究，发现5SrRNA内G41和G72交联，这是三级结构反应。基于此反应，构建了一个改进的5SrRNA分子三维模型。此外，RNA-蛋白质交联研究也是测定亚基内rRNA分子空间排列的有效方法。

目前普遍认为，核糖体的基本功能主要依赖于其中的rRNA，而核糖体蛋白质则增强了rRNA的功能。核糖体最初由rRNA构建，在进化过程中，一些蛋白质被添加上去。体内外的实验表明，即使缺乏某些蛋白质，核糖体仍具有生物活性。此外，rRNA基因(rDNA)突变及甲基化等现象可导致对某些抗生素（如红霉素、氯霉素）的抵抗。