tRNA有61种。在已知的密码子中，共有64种，其中有61种能够编码氨基酸，而剩下的3种是终止密码子，它们不编码任何氨基酸。这61种tRNA分子各自能够与特定的密码子配对，确保了正确的氨基酸被添加到正在合成的蛋白质链中。每个tRNA分子上的反密码子序列是高度特异性的，只与一种特定的密码子相匹配。尽管密码子有64种，但由于终止密码子不编码氨基酸，因此tRNA的数量减少到了61种。根据Crick在1966年提出的变偶假说，tRNA反密码子的第一个碱基可以与密码子的第三个碱基进行灵活的配对，例如，U可以与A或G配对，G可以与U或C配对，而A和C则分别与U和G配对。实验室外的实验表明，在某些情况下，tRNA反密码子的第一个碱基甚至可以与密码子的第三个碱基的四种可能碱基配对。值得注意的是，tRNA反密码子中除了常见的A、U、G、C四种碱基外，第一位碱基有时还会出现次黄嘌呤，这种碱基可以与A、U、C形成碱基对，使得含有次黄嘌呤的tRNA能够识别更多的简并密码子，即那些编码相同氨基酸的多种密码子。正是由于这种变偶配对规则，细胞中只需要32种tRNA就能识别并翻译61种编码氨基酸的密码子。然而，由于许多氨基酸有多种tRNA可以携带，一个细胞通常会含有超过50种不同的tRNA分子。