第四军医大学已经整编成为空军军医大学，第二军医大学则更名为海军军医大学。空军军医大学作为军事院校中的211工程大学和双一流建设大学，其一流学科入选情况明显优于海军军医大学。尽管海军军医大学在海军医学领域具有独到的建树，特别是在航海医学专业方面，拥有国内唯一的本科、硕士、博士授权点，以及博士后培养点，但其综合实力仍然稍逊一筹。

海军军医大学创建于1949年9月，主要提供研究生教育、本科教育、任职教育和留学生教育。开设的本科专业包括临床医学、海军临床医学、药学、公共管理、护理学等13个专业。现有2个国家一级重点学科（基础医学、药学），26个二三级学科，3个军队2110工程重点建设学科，5个总后"530工程"重点建设学科，7个上海市重点学科，69个博士点和92个硕士点。

相比之下，空军军医大学是一所培养高层次医学专业人才的全国重点大学，前身包括第四军医大学和第五军医大学。2017年，学校隶属空军原空军航空医学研究所并入，组建空军军医大学。1995年，空军军医大学被中央确定为全国首批20所重点大学之一，1997年成为国家首批22所211工程重点建设院校之一，2017年进入国家一流学科建设高校行列。学校位于古城西安。

空军军医大学设有基础医学院研究生院、空军特色医学中心、空军卫勤训练基地、第一附属医院、第二附属医院、第三附属医院、航空航天医学中心、军事预防医学系、军事生物医学工程系、药学系、军事医学系心理学系、护理系等机构。学校是国务院批准的首批博士、硕士学位授权单位，拥有12个博士学位一级学士学位授权学科，12个硕士学位一级学科，并设有10个博士后流动站。

空军军医大学的学科建设更为突出，现有6个学科领域进入ESI全球排名前1%，25个学科排名全国前10名，国家重点培育学科19个，国家重大科研基础设施1个，国家重点实验室2个，国家临床医学研究中心2个，国家临床重点专科军队建设项目23个，全军医学专科中心35个，军队后勤科研实验室19个，全军医学专业重点实验室15个。