福建工程学院王牌专业有软件工程、建筑环境与能源应用工程、建筑学、工程造价等。2021年度，学院共有4个专业入选国家级一流本科专业建设点，5个专业入选省级一流本科专业建设点。在2020年度，6个专业入选国家级一流本科专业建设点，7个专业入选省级一流本科专业建设点。2019年度，国家级一流本科专业建设点名单中，4个专业入选；省级一流本科专业建设点名单中，9个专业入选。

学院专业覆盖全面，包括机械与汽车工程学院的机械设计制造及其自动化、车辆工程等，材料科学与工程学院的材料成型及控制工程、材料科学与工程等，信息科学与工程学院的电气工程及其自动化、通信工程等，土木工程学院的土木工程、给排水科学与工程等，建筑与城乡规划学院的建筑学、城乡规划等，管理学院的工程管理、工程造价等。此外，还有电子电气与物理学院、生态环境与城市建设学院、建筑与城乡规划学院、设计学院、计算机科学与数学学院、互联网经贸学院、马克思主义学院、继续教育学院、职业教育学院和体育教研部等多个学院的专业设置。

学院开设的专业涵盖了工学、文学、法学、管理学、艺术学等多个学科门类，学制多样，从四年到五年不等。各专业在学科建设、教学质量、科研水平等方面均取得了显著成绩，为学生的全面发展提供了丰富的选择。学院持续优化专业结构，提升教学质量和科研能力，致力于培养具有创新精神和实践能力的高素质人才。