国家高性能计算机工程技术研究中心的主要使命是依托国家863计划的科研成果，致力于发展与我国国情相适应的计算机软硬件系统产品。中心的核心目标是将这些研究成果转化为实际的产品系列，以满足国家在高性能计算领域的技术需求。

自2001年起，研究中心的战略重心明显转移，聚焦于网络存储系统的研究与开发。他们深入探究这一领域的关键技术，特别是与网络存储系统紧密相关的高性能计算机系统技术。这一决定旨在推动我国在信息处理和数据存储方面的技术进步，提升我国在全球高性能计算领域的竞争力。

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为了促进863计划高性能计算研究成果的产品化，促进高性能计算机产业的发展，国家科学技术委员会于1997年4月组建了国家高性能计算机工程技术研究中心（以下简称“工程中心”）。做为中国科学院计算技术研究所的研究中心，工程中心于2000 年通过了国家科技部组织的验收，并成为国家科技部批准成立的多个国家工程技术研究中心之一。到目前为止，工程中心已拥有了一支百余人的研发队伍，其中博士后3人，博士25人，硕士10人。