海南科技职业大学设有多个教学单位，包括机电工程学院、信息工程学院、化学与材料工程学院、海事学院、城建学院、财经学院、设计学院、健康科学学院、国际护理学院、临床医药学院、传媒与音乐学院、会计学院、工商学院、马克思主义学院、公共课教学部和基础医学部。这些学院共同构成了该校的教学体系。

学校的专业设置以应用化工技术、航海技术、机械设计制造及自动化、物联网工程技术等工科为主，同时兼顾医学和管理学等学科，形成了一个协调发展的专业体系。该校开设了26个本科专业和48个专科专业，涵盖了广泛的领域。

这些专业紧密对接海南十二大主导产业，包括海南油气、高新技术、互联网、医药和医疗健康等重点产业，旨在为地方经济发展培养高素质人才。

学校的专业设置不仅涵盖了工程技术领域，还注重医学和管理学的发展，体现了学校在多元化人才培养方面的努力。通过与地方产业的紧密结合，学校致力于培养具有实践能力和创新精神的人才，为海南经济社会发展贡献力量。

该校的专业设置不仅注重理论教学，还强调实践能力的培养，通过校企合作、实习实训等方式，为学生提供了丰富的实践机会。学校还注重培养学生的创新精神，鼓励学生积极参与科研项目和创新活动，不断提升自身的综合素质。