上海市公用事业学校的系部设置包括基础教学部，轨道交通系，现代交通营运与管理系，资源与环境系，以及汽车运用与维修专业等。

基础教学部由常务付主任高芹和党支部书记高芹领导，下设数学物理、语文、英语、政治和体育等教研组，主要负责新生入学教育，实施一年级教学计划，师资队伍建设和教师考核。他们还负责组织教研活动，加强教学和学生管理工作，落实德育和团学活动，以及学生干部的培养。

轨道交通系由常务付主任王心明和党支部书记王智平管理，他们负责专业规划、师资队伍建设和教学活动，同时关注学生实习就业和招生工作。电气、轨道交通和供配电专业各有明确的培养目标和课程设置，注重实践技能和就业导向。

现代交通营运与管理系由李文渊主任负责，包括汽车、经济管理、计算机和智能交通等教研组，致力于专业建设、师资培训和学生实习就业支持。

资源与环境系则由汤敏和李春红担任职务，关注给排水与环境监测专业，培养具备环保技术和管理能力的毕业生。