东北财经大学以经济学、管理学为优势和特色，经济学、管理学、法学、文学、理学等多学科协调发展。在学科评估中，应用经济学、工商管理、统计学等传统学科名列前茅。

重点学科包括产业经济学、财政学、会计学等，数量经济学为培育重点。理论经济学、应用经济学、管理科学与工程、工商管理、公共管理等5个一级学科下有22个二级学科被列为辽宁省重点学科。

学校有6个一级学科入选辽宁省一流特色学科，应用经济学、统计学、工商管理、公共管理等4个学科位列第一层次，占16个第一层次学科的四分之一。理论经济学、管理科学与工程则在第二层次。