株洲南方航空高级技工学校的机构设置以各部门的职能为核心，确保学校的高效运行。以下是各部门的主要职责：

党政办公室: 负责全校的日常党务、行政管理工作，包括督促检查各部门执行任务，起草和印发文件，组织会议，人事劳资管理，以及宣传、档案、技安、网站建设等工作。

教务科: 主管理论教学，制定教学计划，安排教师课程，组织教研活动，管理教材，监督教师工作量，负责学生学业管理和实验室、图书馆等工作。

实习科: 负责实习教学的组织，制定实习规划，安排实习活动，确保安全和教学秩序。

学生科: 主管学生的思想政治教育和行政管理，制定德育计划，领导班主任工作，负责学生日常管理和家长联系。

总务后勤科: 负责全校后勤保障，包括基建管理、校产维护、食堂、医疗和校园环境的规划与美化。

招生就业科: 负责招生就业管理，制定政策，建立实习就业基地，进行市场调研，管理新生入学和毕业生就业资格。

财务室: 负责全校经费的收支核算，管理各类资金和专项基金。

保卫科: 负责校园治安，法制宣传，处理违法案件，维护校园安全，以及校园内外的治安联防。

培训部: 管理全校培训工作，开展校企合作，培养技能人才，致力于成为地区一流的人力资源培训基地。

纪检监审处: 负责全校监察和审计工作，落实党风廉政建设和行政监察，执行内部审计任务。