该校原为省立花莲师范学校，创设于1947年10月27日，首任校长为林范剑先生。初创时为县府特拨花莲市花冈山前成功中学为校址，除接收省立花莲中学及省立花莲女中附设简易师范班外，并招收二年制及四年制简易师范班各一班，初基始奠。1949年7月，汪知亭先生接掌该校，锐意发展校务，并成立附属小学，规模渐备。

1951年10月，花莲遭逢大地震，校舍设备损失惨重，一时难以修复。1953年8月，该校易长，许俊哲先生受任于百毁待复之际，致力整修校务，添补设备，学校现复旧观。1956年，李升先生接掌该校。1958年奉令增办一年制特别师范科，招训高中毕业有志青年；不意是年7月15日，温妮大台风侵花，校舍全毁，修复匪易，因作迁校计划。1959年6月奉准迁至美伦七星潭现址，7月动工兴建新校舍。12月奉令代办退除役官兵转国校师资讯练班。1960年9月完成迁校，黉舍面山背海，巍然壮观。

1964年7月，该校奉令改制为师范专科学校，戴行悌先生任改制后首任校长。1965年设夜间部，招收普师毕业之现任教师进修。1966年，戴氏请辞，教育听改派廖传准先生继任；1969年9月，何让先生接任校长，建树良多。1979年8月，何校长退休，鲍家骢先生接任，鲍校长承历任校长惨淡经营之余绪，更锐意革新，积极改进校务，重新规划校区、加强学校建设、提高师资水平、强化各科教学、加强小学辅导、建立国际合作关系，以增进教学校果，提升教育水平。

1987年7月1日，该校奉令改制为师范学院，设初等教育学系、语文教育学系、数理教育学系与社会科教育学系，并且附设二年制幼儿教育师资科。原校长鲍家骢先生奉聘为首任院长。1988年7月，该校提供国小教师进修机会，成立进修部，同年即行招生，并配合师资多元化发展之目标，协助东部纾解小学师资不足之困境，办理国小师资及代课教师进修班。1990年8月1日，鲍校长退休，陈乃臣先生接任校长，赓续培养国民小学及学前教育优秀师资。1993年11月，陈乃臣院长任期届满，本校为落实校园民主之精神，陈伯璋先生经由遴选程序出任校长，首开师范学院校长遴选风气之先。2000年10月刘锡麒校长接任校务，就任以来，致力推动校务，期能因应教育鼎革时潮，开启师范教育之新局。

2004年8月1日，林焕祥先生接任创校以来第十三任校长，此时师范院校正面临转型的挑战，林校长以积极的态度，本着“珍惜人文乡土好传统，开创国际视野新契机”的愿景推动校务，期望能将花师由优良的传统带向美好的未来。