集美大学拥有21个学院，71个本科专业，覆盖了多个学科领域。航海技术、交通运输、物流管理等专业由集美大学航海学院提供。轮机工程、船舶与海洋工程等专业则设在轮机工程学院。水产养殖学、海洋渔业科学与技术等专业设在水产学院，而食品科学与工程、生物工程等专业则由食品与生物工程学院负责。体育教育、运动训练、社会体育指导与管理等专业则设在体育学院。

财经学院提供经济学、财政学、金融学等专业课程，教师教育学院则有小学教育、学前教育、教育技术学等专业。工商管理学院的课程包括工商管理、市场营、审计学、旅游管理等，音乐学院的专业有音乐表演、音乐学、舞蹈表演。美术学院则开设动画、美术学、视觉传达设计、环境设计等专业。信息工程学院提供电子信息工程、电子科学与技术、通信工程等课程。

计算机工程学院则有计算机科学与技术、软件工程、网络工程、智能科学与技术、信息管理与信息系统等专业，机械与能源工程学院则涵盖机械设计制造及其自动、材料成型及控制工程、机械电子工程、车辆工程、能源与动力工程、建筑环境与能源应用工程、智能制造工程等专业。理学院则提供数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、数据科学与大数据技术、地理信息科学、光电信息科学与工程等专业。

外国语学院的专业包括英语、日语、翻译，法学院则开设法学、社会工作课程，文学院则有汉语言文学、汉语国际教育等专业。港口与海岸工程学院的专业涵盖港口航道与海岸工程、工程管理、环境工程、地理信息科学等。