井冈山大学是一所全日制综合性普通本科院校，占地面积达2553亩，现有全日制在校本专科学生总数为17000余人，其中本科生占12000人。学生来源广泛，遍布全国31个省、市、自治区，同时还有超过230名外国留学生。学校设有15个学院，包括政法学院、人文学院、外国语学院、商学院、数理学院、工学院、化学化工学院、生命科学学院、信息科学与传媒学院、教育学院、医学院、护理学院、艺术学院、体育学院以及国防生学院。

而衢州学院则是一所以工科为主的本科院校，占地面积约2000亩，现有全日制在校生约15000人，其中本科生占13000人左右。该校同样招收来自全国各地的学生，包括约200名外国留学生。学校设有多个学院，包括工学院、商学院、人文学院、理学院、艺术学院、教育学院和体育学院等。

在专业选择方面，井冈山大学提供了广泛的专业供学生选择，涵盖了人文社科、理工科、医学、艺术等多个领域。相比之下，衢州学院的专业设置则更加倾向于工程技术领域，虽然也有涵盖人文社科等学科，但相对较少。

因此，如果你对人文社科、医学或艺术等领域感兴趣，井冈山大学可能是更好的选择。而如果你更倾向于工程技术方向，那么衢州学院可能更适合你。当然，学校的环境、师资力量、科研实力等因素也非常重要，建议你在做出选择前进行全面的了解和比较。