三峡大学的热门专业有水利水电工程、工程管理、土木工程、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、自动化、汉语言文学、水文与水资源工程、计算机科学与技术、通信工程等。其中，水利水电工程被评为2023中国六星级专业（6★），进入世界高水平专业、中国顶尖专业行列。