厦门双一流大学仅有一所，即厦门大学，其历史可追溯至中国近代教育史上第一所由华侨创办的高等学府，同时也是国家“211工程”与“985工程”重点扶持的高水平大学。厦门大学学科设置全面，覆盖人文科学、社会科学、自然科学、工程与技术科学、管理科学、艺术科学、医学科学等，设有研究生院与30个学院及16个研究院，形成了完备的学科体系。目前，学校共有18个学科进入ESI全球前1%，拥有5个一级学科国家重点学科与9个二级学科国家重点学科。

此外，福建省内还有另一所双一流大学——福州大学。作为国家“双一流”建设高校与“211工程”重点建设大学，福州大学与福建省人民政府共建。学校创建于1958年，以工为主，文、理、管、法、艺等多学科协调发展。福州大学设有89个本科专业，包括38个一级学科硕士点与21个硕士专业学位授权点，拥有11个一级学科博士点与11个博士后科研流动站。学校拥有1个国家重点学科与1个国家重点培育学科，“化学科学与工程学科群”入选国家公布的世界一流学科建设名单。其化学学科进入国际ESI学科排名前1‰，4个学科进入国际ESI学科排名前1%。