截至2017年6月，航天工程大学拥有研究生院、航天指挥学院、宇航技术学院、航天信息学院、航天勤务学院、航天士官学校和基础教学部等七个主要学院。每个学院都专注于不同的领域，共同构成了全面的航天教育体系。研究生院致力于高级研究与培养，航天指挥学院则侧重于培养航天指挥与控制领域的专家。宇航技术学院专注于航天器的设计与技术研究，航天信息学院则专注于信息科学与技术在航天领域的应用。航天勤务学院旨在培养能够提供全方位支持的航天勤务人员，航天士官学校则为未来的士官提供专业训练。

基础教学部为学生提供扎实的基础知识教育，为各学院的专业学习打下坚实的基础。此外，学校还开设了包括航天任务规划、指挥信息系统工程、预警探测、武器发射工程、武器系统与工程、飞行器动力工程、航天装备工程、航天测控工程、雷达工程、光电信息科学与工程、探测制导与控制技术、空间目标监视、遥感科学与技术、航天通信工程和航天信息安全在内的20多个本科专业方向。这些专业覆盖了航天领域的方方面面，旨在培养具备全面专业知识的高素质人才。

通过这些学院和专业方向，航天工程大学不仅为学生提供了广泛的学科选择，还为他们提供了从基础到高级的系统性教育。学校的教育理念是培养具有创新能力、实践能力和国际视野的航天领域专业人才，以满足国家航天事业的发展需求。