吉林工商学院的专业设置涵盖了经济学、管理学、工学、文学等多个学科领域。本科层次的专业包括经济学、财政学、税收学、金融学、保险学、国际经济与贸易、英语、日语、广告学等，这些专业为学生提供了广泛的知识背景和实践机会。

在工学方面，学校开设了机械设计制造及其自动化、机械电子工程、过程装备与控制工程、电子信息工程、计算机科学与技术、网络工程、食品科学与工程、食品质量与安全、粮食工程、烹饪与营养教育、生物工程、工程管理、工商管理、市场营销、会计学、财务管理、人力资源管理、物流管理、旅游管理、酒店管理、动画、投资学、资产评估、电子商务、动物科学、食品营养与检验教育、审计学、通信工程、物业管理、会展经济与管理、应用统计学、网络与新媒体、物联网工程、会计学(转型实验班)、计算机科学与技术(转型实验班)。

专科层次的专业则包括物业管理、计算机网络技术、食品加工技术、金融管理、资产评估与管理、会计、国际贸易实务、电子商务、物流管理、酒店管理、烹调工艺与营养、商务英语、商务日语、新闻采编与制作、会计（中外合作办学）等。

学校注重理论与实践相结合，通过校企合作、实习实训等多种方式，培养学生的实际操作能力和创新精神。

此外，吉林工商学院还设有多个研究中心和实验室，为学生提供先进的教学科研平台，促进学术交流和科技创新。

学校还非常重视学生的综合素质培养，开设了丰富多彩的第二课堂活动，如社团、竞赛、社会实践等，旨在培养学生的团队协作能力和社会责任感。