哈尔滨工程大学以其“三海一核”特色著称，与“三海一核”相关的院系被认为是该校最优秀的院系。其中，船舶工程学院是一系，动力与能源工程学院是三系，智能与自动化学院是四系，水声工程学院和核学院分别是五系和六系。

此外，计算机学院和通讯与信息化学院也颇具实力，是该校的六系和八系。在国家‘双一流’建设中，哈尔滨工程大学的船舶与海洋工程学科被列为重点建设学科，该学科也是该校最为突出的专业之一。

这些院系不仅在科研方面有着显著的成就，而且在人才培养方面也取得了优异的成绩。例如，船舶工程学院在船舶设计、建造和维护方面拥有丰富的教学和实践经验，培养了大量的行业精英。

动力与能源工程学院则在能源利用与转换、新能源技术开发等方面有着深厚的研究基础，为国家能源安全和可持续发展做出了重要贡献。

智能与自动化学院则致力于推动智能技术与自动化技术的发展，为现代工业和社会提供了强有力的技术支持。

水声工程学院和核学院则在海洋声学探测、核能利用等领域有着独特的优势，为国家海洋科技和核能安全提供了重要的技术支持。

计算机学院和通讯与信息化学院则在信息技术和通讯技术方面有着广泛的影响力，为数字经济和信息化社会的发展提供了坚实的基础。

总的来说，哈尔滨工程大学的这些院系不仅在学术研究和人才培养方面表现出色，而且在服务国家重大需求方面也发挥着重要作用，为国家的科技进步和社会发展做出了重要贡献。