哈尔滨工程大学的院系设置相当全面，涵盖了工程技术、人文科学、社会科学等多个领域。船舶工程学院专注于船舶设计与制造，航天与建筑学院则致力于空间技术及建筑学的研究，动力与能源学院研究能源转换及利用技术，自动化学院则关注自动化控制与系统集成。水声工程学院致力于水声技术的研究，计算机科学与技术学院则专注于计算机硬件与软件的研发，机电工程学院则涉及机械电子工程领域。信息通讯学院研究信息与通信技术，经管学院则专注于经济学与管理学的研究，材化学院则研究材料科学与化学技术，理学院则涉及基础科学研究，外语系则致力于语言学的教学与研究，人文学院则关注人文科学的研究，国际交流学院则致力于国际教育交流，核学院则研究核科学，体训部和国防教育学院则负责学生的体育训练与国防教育。

学校通过这些不同院系的设置，为学生提供了多样化的学习和发展机会，同时也为社会培养了大批具有专业知识和技术能力的人才。