南京水利科学研究院好。

1、南京水利科学研究院始建于1935年，是我国最早成立的综合性水利、交通、能源科学研究机构，南京水利自动化研究所成立于1977年，成立时间是比较短的。

2、南京水利科学研究院平均工资为每个月9676元，年终奖平均23250元，南京水利自动化研究所的平均工资为每个月10960元，但是是没有年终奖的，所以南京水利科学研究院好。