复旦大学在微电子设计领域占据领先地位。复旦大学的微电子专业拥有国家重点学科、国家重点实验室、一级博士点和博士后流动站，是该校工科领域的旗舰学科，体现了国内微电子领域的最高水平。

复旦大学微电子专业的实力得到了实际应用的验证，其研究成果广泛应用于多个领域。例如，上海交通一卡通系统以及地铁单程IC卡等项目，都是由复旦大学微电子团队成功研发的。

相比之下，上海交通大学虽然也是国内顶尖学府，但其微电子专业在设计方向上的表现逊色于复旦大学。

综上所述，复旦大学的微电子专业在设计方向上的成就更为突出，可以视为国内微电子领域的佼佼者。