自1982年起，病毒所成为世界卫生组织病毒参考与研究合作中心，与世界各国病毒学研究机构和科学家有着广泛的合作研究和学术交流。自1988年起，病毒所成为国际基因工程与生物技术（ICGEB）北京中心，还有6个国际和国内的研究中心附属于不同研究室。另外，中华医学会医学病毒学分会挂靠在病毒所，中国微生物学会和中华医学会两个杂志均挂靠病毒所进行出版工作。