企业在与MBA院校合作时，学费是否由企业承担，并没有统一的规定。通常，定向就业的报名方式需要企业和院校签订培养协议，这是按照国家相关法规执行的。但在协议中，关于学费的具体支付方，报名者和企业需要自行协商确定，没有强制性要求。

这意味着，企业可能会选择承担部分或全部学费，也有可能要求员工自行支付。具体到每一家企业，支付方式会有所不同，因此建议直接向具体的MBA院校或企业咨询，以获取最新的政策和规定信息。

值得注意的是，虽然企业可能承担部分学费，但这通常会与员工的就业和晋升条件相关联。企业可能要求员工在完成学业后在企业服务一定年限，或者在企业内部获得晋升机会。

此外，学费的支付方式也会影响到个人的经济负担。如果企业承担学费，个人可以减轻经济压力，专注于学业；但如果需要个人自行支付，可能会增加经济负担。

因此，对于有意申请MBA的个人来说，了解企业和院校的具体政策是非常重要的。这有助于个人做出更明智的决策，同时也可以更好地规划自己的职业发展路径。