南京大学研究生专业门类广泛，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等。具体专业如下：

- 哲学：马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、伦理学、美学、科学哲学。

- 经济学：经济学、金融学、国际贸易、企业管理学、统计学。

- 法学：法学理论、宪法与行政法、民法、刑法、诉讼法、经济法、国际法。

- 教育学：教育哲学、教育管理、课程与教学论、教育技术、学前教育、特殊教育、体育教育。

- 文学：中国语言文学、外国语言文学、新闻学、传播学、戏剧与影视学、文艺学、语言学及应用语言学、比较文学与世界文学。

- 历史学：历史文献学、中国历史、世界历史、考古学及博物馆学。

- 理学：数学、物理学、化学、天文学、地球科学、生物学、计算机科学、电子科学与技术、材料科学与工程、环境科学与资源利用。

- 工学：计算机科学与技术、软件工程、信息安全、自动化、机械工程、材料工程、土木工程、环境工程、生物医学工程。

- 管理学：企业管理、技术经济及管理、旅游管理、物流管理、会计硕士、审计硕士、金融硕士、保险硕士、项目管理硕士、工商管理硕士（MBA）。

- 艺术学：音乐与舞蹈学、戏剧与影视学、美术与设计学、广播电视编导、艺术设计。

南京大学非全日制研究生招生专业包括审计硕士、工商管理、会计、法律非法学、法律法学、公共管理、戏剧、新闻与传播、教育管理、金融、工业工程、项目管理、物流工程、美术、光学工程、电子与通信工程、材料工程、计算机技术、软件工程、化学工程、集成电路工程等。

南京大学2020年硕士研究生招生专业共148个学术型研究生专业和28个专业学位研究生类别。